根據順勢療法醫學之父 —— 哈尼曼醫生在《機轉學》(Organon) 第六版的教導：「醫療的第一步是移除不斷破壞健康的因素。」
一個受傷的運動員，如果在康復前不停進行劇烈運動，即使服用了最好的療劑，他也不可能康復；
一個患上消耗性疾病（如：癌症）、缺乏營養的人，如果不解決營養負債的問題，即使服用了與他最相似的療劑，他也不能回復最佳的健康狀態；
一個意外造成的傷口，如果不取出傷口內的異物，即使服用了最適當的療劑，痊癒效果也不會很好。
精神上的治療障礙：
遠離現實的靈性追求、甚至是不適當的禁慾……
情緒上的治療障礙：
情緒上的壓抑、情感的冷漠……
物理性的治療障礙：
營養的不足及消耗、傷口上的異物、化學性的消化不良、環境污染、無法修補的器官破壞、對抗療法的副作用……等等。
順勢療法輔助療劑
現代城市的飲食促使了嚴重的營養失衡。即食食品、精製食物、肉食過盛、高鈉飲食等等都會造成各種慢性疾病。營養失衡是現在最常見的「治療障礙」，當這些情況出現時，必須以順勢療法輔助療劑 (Homeopathic Co-remedies) 配合順勢療法療劑 (Homeopathic Remedies)，方可得到最佳效果。
古典花療
提到情緒層面的障礙，就不可不談古典花療。古典花療沿用巴赫醫生 (Dr. Bach) 創下的三十八種花療，以「相似者能治癒」的原理治療負面的情緒性格，是順勢療法的衍生物。當情緒狀態主導的情況下，很多時候可以簡單有效處理相關的問題，是十分常用的療劑。
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